Voy a aclarar algunas cosas de las que te ha dicho MrOrange. Solo decirte sobre las placas base y el procesador.

De entrada plantearte como bien ha dicho MrOrange, es el tamaño de la caja ya que es la que te va a limitar todo lo demás. Si Quieres una caja muy pequeñita o sea una Mini-ITX, la mejor opción es un Atom 330+ION, que es una placa que viene con el procesador y su gráfica integrada.

Si la quieres pequeña pero con opciones de ampliación una placa Micro-ATX, y dentro de estás placas tienes varias marcas y modelos. Aqui lo mejor es pillar una para AMD con la gráfica integrada, ya que las gráficas integradas de ATI-AMD son las mejores en cuanto a rendimiento como:
- Asus M4A785D-M PRO Micro ATX Socket AM2+/AM3 DDR2 (66 €)
- Gigabyte GA-MA78LM-S2 Micro ATX Socket AM2+/AM3 DDR2 (53 €)

y una CPU AMD como "AMD Athlon II 235e X2 Dual Core 2.7Ghz AM3" (58€), se calientan muy poquito y tienen muy buen rendimiento. Los modelos de Intel similares se calientan algo más y tambien son más caros.

Como ves la placa y el procesador no son para nada caros, y te van a dar un muy buen rendimiento. Cuando veas los precios de las cajas si que te vas a asustar, porque incluso pueden valer más que todo lo que le puedas meter.

Sobre los discos duros una buena opción son los Western Digital Green, que son muy silenciosos y el tamaño pues el que creas, los de 1 Tb ahora están muy bien de precio.