Fíate que gatudo usó la APU A8-5500 que tiene un TDP de 65W, sin embargo la que tienes pensado ponerle tú es de 35W. Así que el tema temperaturas con el Noctua no va a ser un problema, por que ya sabemos que ese Intel Haswell es un mechero y no se calienta nada en comparación a la APU de AMD. Y si no que te comente Tocinillo, que su htpc tiene ciertas similitudes con el tuyo y no tiene problemas con la temperatura.

Y respecto a la otra duda, decirte que cuando te mueves en espacios tan pequeños, está claro que siempre hay un riesgo de que algo toque con algo. Respecto la RAM date cuenta que esa placa tiene una ventaja y es que los módulos van hacia el frontal de la caja, por lo que ve no van a interferir en la disipación del calor hacia el lateral que es donde tiene las ranuras de ventilación la caja.