Caja para placa con CPU integrada.

Por partes.

Si quieres un equipo totalmen te pasivo necesitas una placa base con toma de corriente integrada como por ejemplo esta


ASRock Q1900DC-ITX Intel J1900 2.0GHz/ DDR3/ SATA3&USB3.0/ A&V&GbE/ Mini-ITX Motherboard & CPU Combo:Amazon:Computers & Accessories

Es similar a la que tu habías seleccionado pero con la clavija de conexión de un transformador externo como el de los portátiles

Otra opción seria poner una fuente picopsu a la Q1900 que tu has puesto pero prácticamente te costara lolo mismo que la que termina en DC si sumas las piezas y te ahorras tener que montar la pico psu

En cuanto a cajas por alto no tienes proproblema te caben infinidad de cajas en esa altura.

Echarle un vistazo a los recopilatorios que te he puesto y al hilo que te recomendó Tassadar y dignos cuales te gustan y te orientamos en base a eso.

Con respecto a lo del SSD o HHD de 2.5 yo te recomendaría mejor un SSD pues mejoraremos en rendimiento del equipo, un ejemplo podría ser este
Crucial M500 o el nuevo crucial MX100

Un saludo