Entiendo que los dos trabajarán a la máximas revoluciones y no los podrás regular independientemente. De todos modos la solución para bajar la temperatura no siempre es poner más ventiladores, sobre todo para las cajas que creo que es a lo que te refieres, sino su ubicación y si lo quieres para entrada o salida del aire. Si es para el ventilador del micro mejor sería un buen disipador con base de cobre y una buena pasta térmica y con 1 solo ventilador suele ser suficiente
Saludos!