Hola, no es que sea un experto en el tema, pero para poder reproducir bien los Mkv tienes que tener instalado el paquete de codecs de
K-lite y como reproductor el Mpc-Hc, que viene con ese paquete.

Si no los tienes instalados, te los descargas de la página de codec guide y los instalas siguiendo las instrucciones de este post.

Y si todo te sale bien, dale las gracias a Tassadar, que todos mis conocimientos son gracias a él.

Ya dirás.