Hola Elpakiu,

Un AMD 5350 o un A4 5000 serían muy buenas opciones si pensases usar Windows, pero si además quieres Ubuntu no te aconsejo AMD.

La conocida J1900-ITX te funcionará bien tanto en Windows como en Linux, pero tienes dos desventajas:

-No soporta el formato Bluray3D (aunque sí que podrás ver SBS-3D).
-Bajo Windows algunos formatos de audio en HD no se pueden pasar por passthrought.

Si quieres eliminar estos dos detalles y mantener S.O dual Windows-Linux tendrías que ir a por una configuración basada en i3 Haswell, que te subiría el precio y también el TDP.

Para la caja, hay opciones en ITX con fuentes pasivas (silencio) como ésta, si quieres poder meter un disco mecánico de 3,5" ya está más complicado, aunque algo hay: ENLACE.

Saludos