Lo más probable es que no hayas configurado la salida de audio del PC en bitstream, raw, passthrough o direct (de estas manaeras puedes encontrar nombrada la función).

Se trataría de que la tarjeta no descodificara el sonido AC3, ni el DTS, al formato PCM pues este solo puede ir en estéreo por la salida óptica, y eso es lo que está pasando (luego tu BOSE hace un 5.1 simulado).

Paso tu hilo a la sala correcta, HTPC, donde podrás ver un hilo chicheteado que te será de ayuda y bastantes hilos con problema similar.