Hola Panda,
Yo estuve un tiempo dándole vueltas a este tema y al final opté por discos duros de 2,5" por un tema de ruido y espacio. Obviamente no es la solución más barata pero creo que en mi caso es la que mejor me va. Eso si, si necesitase mucho almacenamiento, como parece que es tu caso, yo optaría por esto:
Nox 5-Bay Raid Station USB3.0 NOX5BAY Caja Externa USB
Es más pasta que lo que propones tu pero puedes meterle hasta 5 discos y hacer los raid que te de la gana.
Tassadar, no ves un incordio andar pinchando discos duros? Lo digo por como puedes saber dónde tienes cada cosa, mientras tienes los discos separados por tipo de contenido (pelis, series, música, etc...) no me parece complicado pero cuando ya tienes varios de pelis por ejemplo es un poco coñazo, además de complicado de usar con XBMC como es mi caso.