Aunque no tengo experiencia con las salidas de sonido del ordenador, puede que te oriente sobre lo que está pasando lo siguiente:

¿Cuando lo oyes en estéreo el Yamaha lo detecta como DTS (encederá su logo) o como PCM estéreo?

Si es este el último caso el ordenador lo estaría decodificando a PCM, bien multicanal o bien estéreo, pero por las salidas digitales solo puede enviar dos canales PCM. Habría que hacer que no lo decodificase, que lo enviara solo en forma bitstream.