Hola keygen82,

En teoría el MKV 3D SBS no requiere nada especial por parte de la gráfica, pues la imagen es una imagen 2D normal y corriente y es el proyector/televisión el que al recibirla se encarga de crear la imagen 3D procesando las dos imágenes que debe detectar (izda-dcha o arriba-abajo).

Si como dices el proyector llega a montar la imagen correctamente no es un problema de overscan/underscan, que es lo más habitual en estos casos, aunque no te puedo decir nada de la conexión VGA.... quiero decir, creo que nunca he probado a reproducir 3D SBS por VGA, aunque no debería ser un problema en teoría.

Donde sí que te falla esa gráfica es en la frecuencia de refresco, no te va a dar los 23,97 fps ni 24, pero esto simplemente te daría judder, no veo porque te afectaría como te está afectando, aunque claro, 144 es múltiplo de 24, quizá en tu proyector en concreto no puedes ver bien el 3D a no ser que sea con emisiones 24p.

Para empezar prueba a sacar el vídeo por HDMI o por DVI--> HDMI.

Siento ni poder ayudarte mucho más.

Un saludo