Si vas a decodificar el audio en el propio HTPC (no usar passthrought/bitstream) tienes que poner en Windows la configuración real de altavoces que tengas (2.0, 4.0, 5.1...) y si vas a usar passthrought/bitstream puedes poner lo que quieras, porque el bitstream funcionará y será el AV el encargado de hacer el trabajo a partir de la señal original.

Es por esto que lo recomendable entonces es poner tu configuración real de altavoces, uses bitstream o no.

El el caso de Linux, al menos los Ubuntu, es diferente, si no usas bitstream tienes que poner los canales que tengas, pero en caso de usarlo has de seleccionar estéreo, porque si no, no podrás activarlo. Obviamente, aunque el S.O esté en estéreo al usar bitstream tendrás multicanal.

Saludos