Hola Brëtol,

No te tienes que preocupar por la altura del disipador en esas placas base, pues es inferior a la de los conectores traseros, por lo que te cabrá en cualquier caja. En cuanto a la refrigeración, recomendable que la caja tenga por encima unas minimas perforaciones para que el calor salga por convección, pero vamos, puedes funcionar en pasivo perfectamente, yo he hecho pruebas de ello y con estos Bay Trail D no es necesario ventilación activa (si les pasas tests de estabilidad fuertes llegan a temperaturas altas, pero siguen estando por debajo de la temperatura máxima que establece Intel para estos chips).

En lo del mando, yo tengo un mando LC-Power que permite encender esta placa desde apagado, siempre que se active la opción en la BIOS, pero desgraciadamente es un mando que ya no está disponible, por lo que o bien buscas otra opción, o como te dice el compañero cabe_jmr, siempre puedes encenter el HTPC con el móvil a través del WOL. Otra opción es por supuesto una caja que trae mando a distancia, pues suelen traer ese cableado que comentas, que lo que hace es dar la señal de encendido a la placa por el cable de alimentación ATX cuando detecta la señal del mando.

Saludos.