A ver, es que el "passtrhought" solo se usa para los siguientes formatos de audio digitales:

Dolby Digital / AC3
DTS
TrueHD
DTS-MA
LPCM

Normalmente un MP3, flac, vorbis, etc se van a descodificar en el PC y enviarse en formato PCM (como si fuera un WAV). Ahora en tu AVR te debería salir los canales que recibe en PCM, al reproducir un MP3 debería indicar PCM y luego los canales "L" y "R" correspondiente a izquierdo y derecho. Escucharás todos los altavoces por el modo de audio del AVR, seguro que tienes unos cuantos modos diferentes, ahí seleccionas el que más te guste, bien un modo stereo o modos para escuchar música que seguro que también tiene.