Sí, la opción del ajuste de frecuencia "al vuelo" como dices es muy cómodo, y funciona a la perfección teniendo el escritorio a 60Hz. Cuando pones la película a pantalla completa la TV se pone a 24p y cuando sales vuelve a 60Hz. Incluso, con la opción "smooth motion" de madVR, ni siquiera se produce el pantallazo negro entre cambios de frecuencia.

Veremos esos vídeos, pero te adelanto que probablemente no se pueda apreciar la diferencia entre "con judder" o sin él, ya que sería necesario grabar como mínimo al doble de la frecuencia de actualización de la pantalla (si no se produce aliasing), y no creo que el móvil permita eso.

Al final, supongo que te tocará lo de siempre, empezar de cero con una instalación limpia de MPC, sin ffdshow ni Haali ni madVR, e intentar localizar el problema.

Saludos.