Si no te importa pagar un poco más por la placa base que es más cara, adelante, tampoco es un dineral, jeje.

En cuanto a la APU, por lo que comentas el 5500 te vale perfectamente, aunque si quieres ir una superior, ya que te metes que sea el Richland, que va a 100 mhz más (3500 vs 3400 mhz), y además tiene una VGA 8570D frente a la 7660D del Trinity.

El disipador, como sabrás siempre recomiendo poner el más grande que se pueda, pero si eso te va a fastidiar en no poder poner los discos duros que quieres, es tontería, sobre todo teniendo en cuenta que el Big Shuriken va muy bien para una APU de 65w: ENLACE

En cuanto a la silicona térmica, yo siempre pongo Arctic MX4, que es de las mejores (incluso mejor que la Artic Silver 5), pero hombre... yo compro un tubo y me sirve para un montón de equipos, tu comprarías el tubo en principio solo para tu HTPC, así que si no vas a hacer OC puedes tirar perfectamente con la pasta que trae el disipador, que sin ser de las mejores cumplirá bien.

En el disco duro, poco más que añadir, cualquiera de los dos te irá bien, y llevas toda la razón en que aunue físicamente sea el mismo disco, ese año extra de garantía bien vale 10 euros si lo vas a usar de forma intensiva.

En la fuente, la Be Quiet L8 CM 430W sin ser mala, se ve claramente por los números que no será tan silenciosa como la E9 CM 480W, con lo cual yo pagaría la diferencia de precio y compraría la E9.

Ten en cuenta que el aumento de ruido al aumentar los decibelios no es lineal, sino exponencial. En cuanto al precio, te asusta porque no tenemos cultura de invertir dinero en una buena fuente, pero fíjate como pagar 20 o 30 euros más por una placa o un micro que te van a valer para lo mismo no lo cuestionas, incluso lo pagas con gusto

En el ventilador superior, no pasa nada porque el del procesador "inyecte" aire al procesador y el superior de la caja lo saque (sentidos inversos del flujo). Esto podría ser negativo con ventiladores a muchas rpm, con flujos de aire muy grandes, pero lo que estamos planteando montar es algo silencioso, con ventilaores a no más de 650-750 rpm, con lo que no pasa nada porque cada ventilador eche aire en un sentido. Aún así puedes hacer pruebas de temperatura con diferentes configuraciones, y ver como va mejor, pero vamos, dudo yo que encuentres diferencias de más de un par de grados o tres en el caso más extremo xD

Saludos