Como te comenta andrew_mp, prueba con otro reproductor o busca en esos reproductores alguna opción en la salida de audio, donde figure "Bitstream" o "Passthrough" o algo así. Esta configuración consiste en que el ordenador mande la señal de audio tal cual al receptor, y éste ya lo decodifique y haga lo que tenga que hacer.
Yo en su día también tuve problemas con eso en un portátil con gráfica dedicada por donde sacaba el audio por HDMI. Al final toqueteando en las configuraciones conseguí solucionarlo. Espero que pronto lo soluciones tu también.

Un saludo!

Por cierto, por si te sirve de ayuda, yo para mkvs, divx y demás uso el Splash Pro, que me parece muy sencillo e intuitivo (la opción de bitstream figura claramente xD), y para full blurays y dvds uso el Arcsoft TotalMedia.