Dependerá de un millón de cosas, lo que no puede ser es que haya diferencias en el sonido entre sacarlo por el HDMI de la gráfica o por el de la tarjeta de sonido (si tiene), al ser salida digital el sonido lo procesará el previo.
Entre una tarjeta de sonido y el previo pues la habrá, pero una vez todo ecualizado (siguiendo o bien el método de salida preout del previo a ecualizadores y luego a una etapa o bien el de tarjeta de sonido de la fuente a la etapa directo) dudaría muchísimo que en una prueba ciega alguien distinguiera una cosa de otra.
Un saludo!