En una torre donde el disipador va en vertical todavía te puedes plantear en qué posición poner el disipador para que los heatpipes trabajen mejor, pero en el HTPC el disipador va horizontal, así que te da igual.

En cuanto a la pasta térmica, yo lo he hago es echar en el centro un pegote y extender una capa lo mas fina y uniforme posible usando algo similar a un DNI a modo de espátula:



Saludos