Hola!

En principio no deberías tener problema, y más cuando la placa es micro ATX. Podrías buscarte una caja HTPC lo más pequeña posible y que te guste.

Eso si, coméntanos los componentes que son, para saber características, consumo, medidas.... (placa, micro, memoria, disipador de CPU, etc.). Si colgaras unas fotos ya sería ideal.

Saludos