Debo dar por hecho que tienes equipo de sobra, (con 2 discos duros), el disco desfragmentado y la captura bien hecha.

Por ejemplo con el pinnacle 9 cuando te llevas el video al time line se ve bien antes de crear el disco...??
Cuando creas video y disco...como lo haces..??

Prueba una vez que lo hayas editado a: crear video MPG (Calidad dvd compatible) y una vez lo hayas hecho y ver que en time line no da saltos, crea video - disco

Si ves que tienes equipo de sobra, disco desfragmentado, los pasos los haces bien y con todo esto sigue igual, por favor, dime los pasos que haces y como lo haces.
Te podré ayudar con más detalle