Lo quería haber comentado antes y se me ha pasado: supongo que usarás un reproductor diferente del Windows Media.

Uno muy recomendable es el Video Lan, que es Freeware (supongo que lo usarás). En todo caso tenlo actualizado....

Supngo que los ficheros que te dan problemas son los muy pesados (>16 gb) y/o con bitrates altos....