Hola,
Puedes probar con el burrrn, que es gratis, y soporta flac y ape.
http://www.burrrn.net/?page_id=6
Teniendo en cuenta que cuando lo uses, tienes que tirar del cue, que es donde viene la referencia del fichero gordo, y de los cortes.
Otra opción es pasar el flac o el ape a wav, mediante los respectivos programas ...
http://flac.sourceforge.net/download.html
http://www.monkeysaudio.com/download.html
... modificar el cue, de forma que en la línea donde dice nombredefichero.flac, poner nombredefichero.wav, y usar el cue con el nero u otro programa "estándar".
Un saludo![]()