Discrepo chicos.

Veo un poco caro el montar una placa mini itx en esa caja. Tampoco se puede montar la GA-890GPA-UD3H S, es ATX y la caja elegida es micro ATX.

Mejor opcion Gigabyte, podras controlar los ventiladores desde la propia placa base, cosa que con la ASUS solo podras hacerlo si los ventiladores son PWM.
La placa elegida puede ser la Gigabyte GA-880GM-UD2H. Si no juegas, la grafica dedicada HD5XXX solo te aportara audio HD respecto a la integrada.

Con un disco duro de 5400rpm tienes de sobra, meter otro no genera mas que calor y ruido. Para un uso normal, yo ando con un Ecogreen de 5400rpm, va estupendamente.

En cuanto a la fuente, la Bequiet es buena opcion. Del resto, a gusto del consumidor.

Olvidaba el ventilador, un Big Shuriken te asegurara el silencio absoluto.