En el Media Player Classic Home Cinema, (al menos en el que uso yo, ver 1.2.908) si que hay una opción para deshabilitar los subtítulos.
En view --> options (ver opciones) en el apartado player --> keys verás como aparece que pulsando la w se desactivan los subtítulos (a no ser que estes utilizando un visor externo de subtitulos como directvobsub).

Respecto a lo de los mkv, tendrás que tener en cuenta 2 cosas:

-el ordenador que estés utilizando puede que se quede corto, sobre todo por micro o memoria, aunque tb. interviene la tarjeta gráfica si consigues aceleración por hardware.

-el códec de video que estes utilizando para ver los mkv. (en view-->options apartado internal filters, transform filters, seleccionando h264/avc)