Tienes varias opciones.
La mejor es que te bajen el programa gratuito que descomprime los ficheros ape

http://www.monkeysaudio.com/

Te lo instalas,y con el botón derecho le das a descomprimir a wav y listo.Grabando.
Luego los apes,viene normalmente con otro archivo cue,que es el que manda los cortes de la grabación cuando el disco viene es un solo fichero ape.

Espero lo consigas,pues es fácil

Saludos

Sisco