Empiezo por el final:

De mando a distancia, lo mejor es el Logitech Dinovo. Es caro, lo sé, pero yo tuve antes un Bmove no se qué y acabé hasta los huevos porque funcionaba fatal.

Compré el Dinovo "a regañadientes", porque además a mi me costó más de lo que vale ahora (casi 100 euros que palmé xD), pero estoy encantado con el, es muy buena compra.

Ventilador:

A ver, dicen que más vale una imagen que mil palabras, así que he hecho un shop sutresalchichero para que se vea:



A la izquierda el disipador con el ventilador encima (se supone que es como ha de montarse) y a la derecha con el ventilador por debajo. No puedo garantizar que se pueda poner debajo porque no lo he probado, pero por las fotos que he visto es perfectamente posible cabe, se debe poder xD.

A la vista queda que el conjunto queda más "bajito" al poner el ventilador debajo.

Disco duro:

Es un disco de 3,5" estándard, y esa caja los admite, no has de tener problema alguno, te marco en una foto donde iría:



El montaje se hace con el disco de lado, vertical, en el hueco que te señalo en la foto.

Saludos