Buenas.

Te comento, el Reclock es un programa para adaptar el sonido a la velocidad del video, segun si el video va a 24hz o 50hz, modifica la velocidad del sonido para que este suene correctamente. Mas o menos es asi. Tambien es posible que si no usas reclock, estes sufriendo este problema y tu tengas el oido especialmente sensible a esto. Digo todo esto porque como el reclock toma como un dato el refresco de las peliculas, en el caso de los 3D es distinto a otros, lo que podria provocar un cambio de velocidad erroneo.

Ademas de esto, se me ocurre algun problema en los codecs de audio.

Como te digo, te aconsejo:

- Probar distintas fuentes: Peliculas normales, Videos youtube, Musica, Peliculas 3D, Peliculas especialmente pesadas, etc...

- Revisar Codecs y probar distintos reproductores.

- Probar salida analogica y salida digital(actualmente estas usando esta ya que usas HDMI)

- Comprobar configuracion de la salida de audio HDMI(Panel de Control -> Sonido)

Un saludo.