Se supone que convirtes un avi, no?
Antes de utilizar el TMPGEnc, descomprime el audio con el Virtualdub. Abres el programa, cargas la pelicula, en la pestaña "Video" selecciona "Direct Stream Copy", en la pestaña "Audio" selecciona "Full Processing Mode". Y por último "guardar avi".

Luego carga con el TMPGEnc ese avi que has creado y sigue el tutorial que tengas. Antes de grabarla a un CD o DVD comprueba si se oye el audio o no.

Saludos