Si, la peli la abres bien. Cuando te salga ese mensaje le das a "Si" y ya está. Luego haces lo que he comentado: en "Video" marca "Direct Stream Copy" y en "Audio" marca "Full processing mode". Luego en File "Guardar avi".

Una vez lo tengas, visualiza la pelicula para ver que el audio no esté desfasado, mira un trozo del principio, otro por la mitad y otro por el final de la pelicula.
Dime si ha salido bien así.

Saludos

P.D. los packs de codec a veces pueden crear problemas, se instalan demasiados codecs que ni se utilizan, personalmente no soy partidaria de los packs de codecs, tan solo instalar los necesarios que realmente son 6 o 7.