Hola, perdona que no te haya respondido antes, no me llegan las notificaciones del foro.
El mismo vídeo de Youtube, probado en la Xbox One conectada por el mismo SPDIF al Onkyo reproduce el audio por cada canal sin problemas, por lo que descarto que sea problema de Youtube o del ampli.
He realizado la misma prueba (con los mismos vídeos de Youtube) con un Android Media Center que tengo por casa y me pasa exactamente lo mismo, aún configurando la salida digital como passtrough el ampli detecta que es PCM y solo reproduce en stereo.
Me queda probar desde un portátil que tiene spdif pero los drives Realtek para Win10 no me deja hacer un test de canales como se podía en Win7.
Saludos