La historia comienza donde acaba Killzone 2,
con Visari, el malvado dictador Helghast,
muerto a los pies de los soldados de las Fuerzas Especiales ISA, Sev y Rico.
Puede que estos hayan ganado la batalla, pero no la guerra, ni mucho menos.
Visari ha caido,
pero él ha dejado atrás un mundo con una política de luchas internas y rotundamente asesina.
Mientras tanto, su regalo de partida
- una bomba nuclear detonada en Pyrrhus, la capital de Helghan -
ha diezmado la fuerza de invasión de los ISA.
Sin nuevos refuerzos y con las provisiones rápidamente agotándose,
Sev, Rico y las fuerzas ISA restantes
deben luchar ahora por su supervivencia contra el crecimiento de la maquinaria bélica de los Helghast…