Eso es un problema, no de la conversion, si no de la grabacion.

En ocasiones al quemar el disco, se producen errores que no son lo suficientemente importantes para abortar la grabacion, pero si son lo suficientemente evidentes para tener problemas en la reproduccion.

Mi consejo : grabar nuevamente el disco, a 2x o 4x máximo, y no utilizar ninguna otra aplicacion en el ordenador mientras este graba.

Un saludo.