En cuanto a quién creo la nave...pues no se explica, pero bien podría haber sido el ser extraterrestre que la gobierna. Es este ser el que destruye la luna.
En un principio, este ser captura el transbordador espacial y hace miles de clones de Tom, que luego envía a la tierra como soldados (reprogramados, con la memoria borrada) a acabar con todos los humanos.
Posteriormente este ser comienza a succionar el agua de los mares, pero como todavía quedan un grupo de humanos que ofrecen resistencia, vuelve a enviar a los clones esta vez como técnicos de mantenimiento (con la memoria borrada y con la idea insertada de que los humanos que quedan son en realidad extraterrestres que atacaron la tierra y luego quedaron atrapados aquí al perder la guerra). Estos clones se encargan de mantener en funcionamiento a los drones, que a su vez van matando a los pocos humanos que aun quedan.
Lo que sucede es que este clon en particular al que Tom recrea, comienza a recordar cosas...