Es que entre un ape y un wav o un flac no debería haber diferencia alguna si el proceso decodificación/decodificación se ha hecho correctamente, porque se trata de compresión sin pérdidas mediante el uso de algoritmos aritméticos (especialmente sencillos en el caso del ape, como puedes ver en la página web www.monkeysaudio.com).

Puedes hacer la prueba comprimiendo un wav a ape, descomprimir el ape a wav y comparar los ficheros. Deberían ser exactamente iguales (idem con flac).

A mi el ape es el formato que más me gusta. De hecho, cuando se generalice los discos duros de gran capacidad y silenciosos, podremos utilizarlo masivamente para guardar y reproducir nuestros cedes favoritos sin pérdida de calidad alguna, en vez del reproductor de cds.