Me respondo a mí mismo: hay una opción en EAC que permite hacerlo: Split WAV By CUE Sheets.

Estupendo. Voy a hacerme unas recopilaciones, más bien reediciones caseras de todos los discos de Dire Straits y Mark Knopfler, incluyendo cosas raras y las canciones oficiales no editadas en los álbumes correspondientes.