Pues no conozco el funcionamiento de apple tv, pero por lo visto tiene la opción de descarga de películas, si tienes alguna en 3D debería funcionar (si lo conectas por Hdmi al televisor, por streaming quien sabe, probablemente no y a golpes) si te refieres por ejemplo con un iPhone pues difícilmente te va a dar para mover una película en 3D lógicamente. Pero vamos que ni idea, quizás alguien del foro lo haya probado.
Por usb dependerá del modelo de tu televisor y de que formatos acepte a través de usb. Pero para que te funcione correctamente el 3D lo mejor sería por HDMI y con un Bluray, sino o no te funcionará correctamente o te irá a tirones.