Yo he solucionado algún mkv bajándome una versión más baja del mkv mergue y volviéndolo a empaquetar.
Te lo hace en 4 minutos más o menos.
Saludos
Su problema no es el HEADER COMPRESSION, que se soluciona sin tener que bajar una versión más antigua del MKV MERGE. Haciendo esto es suficiente http://www.matroska.info/noticias/79...44b681a21d9506

Su problema es que el audio DTS no lo puede reproducir..