Sobre el LG BD390 estuve investigando hasta hace cosa de un mes (ahora me interesa más el MS450H, en el foro de grabadores), y yo no lo tengo, así que puede que me baile alguna especificación. No se si lee de carpetas compartidas, pero creo que tiene DLNA, por lo que sí debe tener acceso a contenidos en red local. Para esas dudas tan concretas, mejor entráis en el subforo de reproductores HD y miráis en el post del BD390, que la gente ha estado probando cosas.

Lo de los saltos por usb suele ser, o porque el reproductor tiene un puerto USB 1.1 (el 2.0 es mucho más rápido y da de sobra para esto), o porque se usa un pendrive muy lento (generalmente los mas baratos y antiguos).

Los MKV suelen ocupar entre 6 y 12 GB (los hay más grandes y más pequeños, pero esto es lo habitual), así que normalmente se graban en disco duro externo con formato NTFS, no en pendrive (aunque supongo que funcionara igual).