Hola, te explico el proceso. Necesitas multiplexar de nuevo los mkv en los que aparezca "Version 4" en el campo que te dije. Por eso debes comprobar antes uno por uno los archivos.
1. Descargas el mkvtoolnix (los .7z son versiones portable, sin necesidad de instalar):
mkvtoolnix -- Matroska tools for Linux/Unix and Windows
2. Ejecutas mkvmerge (mmg.exe en la version portable). Vas al menu multiplexado -> añadir opciones de línea de comando y añades estas dos a través del menu desplegable:
--engage no_cue_duration --engage no_cue_relative_position
Marca la casilla
"guardar por defecto para las nuevas tareas" y así en adelante todos los mkv se crearán de este modo.
3. Para cargar los mkv que quieres multiplexar, das a "añadir", eliges el archivo, y luego abajo del todo seleccionas la ruta de destino. Por último, pulsas "iniciar multiplexado" y en 1-2 minutos, dependiendo de la potencia de tu ordenador, tendrás el nuevo archivo "Version 2" exclusivamente.
Opcional: Comprueba con MediaInfo que, efectivamente, el archivo resultante es "Version 2".
Ya me cuentas. Un saludo.