Hola Morbid yo la tengo como tu dices por HDMI a la tv y por Optico a un amplificador. Resulta que el amplificador al tener una pantallita me indica el sonido que se está reproduciendo en ese momento.
Como bien dices si que se oye un clik que da la sensación que solo al principio va como con retardo, pues cuando navegas por el menu de la consola en la pantalla aparece las letras PCM... pero cuando ya pones un juego o una peli depende de como configures el sonido ya aparecen las letras Dolby Digital o DTS.
No se como descomprimen el sonido eso altavoces Logitech que tienes, pero pueden ser en PCM o BITSTREAM.
Cuando enciendas la play3 vete a configuración y en sonido mira lo que tengas puesto, tendrás un monton de pestañitas las cuales poner y quitar y entre ellas seguro que están PCM y Bitstream. Prueba pinchando unas y otras a ver como actúan cuando estés por el navegador de la consola y ya nos dirás lo que ocurre.
Un saludo.