Yo solucioné un problema parecido con el mkvmerge añadiendo la opción --clusters-in-meta-seek al editarlos.

Abres el archivo con mkvmerge y en el menú principal vas a la opción Multiplexado / Añadir opciones de línea de comando. En la ventana que se abre, en el desplegable que pone "Opciones disponibles", seleccionas --clusters-in-meta-seek y pulsas el botón añadir y luego el de aceptar. Luego generas el archivo normalmente en mkvmerge.

Yo tenía mkv que al intentar avanzar me decía opción no disponible (a mi no me sacaba del archivo) y lo solucioné así.



Otro motivo por el que me ha pasado eso, es que el audio está desfasado con respecto al vídeo (aunque se oiga bien). Si abres el archivo con MediaInfo te dice si la pista de audio ha sido "desplazada" para que esté sincronizada con el vídeo. A mi los vídeos que tenían el audio desfasado más de 30 segundos no me dejaban adelantarlos. La solución a esto es más compleja ya que abría que separar el audio, editarlo quitando o añadiendo silencio y volver a multiplexarlo con el vídeo.

Un saludo.