Hola,
No soy muy entendido en el tema del 3D aun pero creo entender que requiere de reproductor de peliculas especial.
Porque el tema segun entiendo yo es que tienes una fuente 3D sbs (.mkv) y un proyector 3D, lo que necesitas es un reproductor para tu PC que sepa enviar la señal en 3D digamos... porque creo que ahora mismo reproduces el fichero "a saco" y claro el proyector solo entiende que es un .mkv standard.
No se decirte mas sorry