Por mi experiencia, la configuración está en el proyecto, normalmente si la fuente es un BD el cambio a 3d es automático pero si la fuente es un PC en el proyector tienes que seleccionar que active el 3d y el modo Lado a Lado o Arriba y Abajo en función de como esté el mkv. Eso lo ves fácil pues si lo abres en el PC verás 2 imágenes como dice el compañero y su disposición será la primera o la segunda de las que te comento.