¿Qué tiene que ver? El proyector te mostrará la imagen que le envíe el reproductor. ¿Qué le importa al proyector si es un archivo .MKV o un .TS de un disco original?

Buscad el problema en el reproductor. Y mirád también las cabeceras de ésos archivos 3D que no funcionan. Casi seguro que el problema está ahí.