Te respondo brevemente

1.- La fase se utiliza para que el cono del sub trabaje en fase con los conos de tus cajas. Para calibrarlo, mueve la rueda hasta que consigas unos graves secos. Como regla general, si el sub está en línea con los frontales, deja la fase a 0º

2.- Esto va en gustos. Yo tengo todos los canales en small y los graves redireccionados al sub. Mi ampli me permite cortar cada caja a una frecuencia distinta lo que me da un plus de flexibilidad ya que adecuo cada canal a la respuesta en frecuencia de cada altavoz. La poción que tomes dependerá de cual sea la respuesta de tus cajas. Un buen punto de partida suele ser todo a "small" y frecuencia de corte en el ampli de 80 Hz. Pero si alguno me oye decir esto me "crucifica" así que lo mejor es que pruebes.

3.- Dependerá de nuevo de la respuesta de tus cajas. Normalmente para señales de baja, quien gestiona es el ampli (te permite frecuencias de corte de 40,60,80 y hasta 250 Hz) y dejas el crossover del sub a tope (sin gestión) Pero si la pendiente de corte del ampli es muy poco inclinada, igual puedes ayudarle con el crossover del sub (que en ningún caso deberá colocarse en una frecuencia menor a la que uses en el ampli)

Para señales de alta, el ampli no tiene nada que hacer, ya que lo que le llega al sub es la señal de tus cajas. Ahí tienes que colocar el CrooOver del sub a la frecuencia en la que tus cajas frontales empiezan a decaer.

Por último, nunca utilices frecuencias de corte por encima de 90-100 Hz ya que por debajo de estos valores las frecuencias son direccionales.

Un saludo