En las dos posiciones trabajará el ampli del sub, pero solamente en la "posición 1" lo hará filtrado (que es lo correcto) en el caso de que la señal que le llega no lo esté.

Si lo tienes conectado a la salida "Sub" del AVR, entonces ponlo en la "posición 2", ya se encarga el AVR de mandarle la señal filtrada En el AVR seleccionas el corte que quieras o necesites.

Saludos!