Hola, según entiendo, el subwoofer lo tienes conectado en "stand-by", es decir, si hay señal se activa. En este caso como has comprobado que funciona, el problema puede ser por dos motivos (excluyendo que pongas tu AVR en modo "pure direct" como te han indicado, donde no se activa la salida LFE):

Que el archivo que reproduces apenas tenga contenido en el canal LFE, esto lo compruebas reproduciendo distintos archivos y discos.

Que el nivel de la señal sea excesivamente bajo y no active el subwoofer. Para ello una vez calibrado, te vas a los ajustes de nivel en cada canal, y si el sub está por debajo de 0 dB excesivamente, tienes dos opciones, sube el potenciómetro del propio sub algo y vuelve a calibrar (especialmente si está la ganancia del canal LFE en tu Denon excesivamente baja, imprescindible si está en -12 dB). O si no está excesivamente bajo, sube proporcionalmente todos los canales (los 5.1) hasta que ronden los 0 dB, principalmente el sub que es quien te da problemas. Con ello consigues que aumente el nivel de señal que le llega y se active (se ponga su luz en verde, evidentemente mientras esté en rojo no sonará).

Saludos.