Ahí pueden pasar varias cosas. En primer lugar, si el subwoofer está al lado de los altavoces, la fase debe ser 0. El control de fase se usa cuando el subwoofer no está en el mismo plano que los frontales (por ejemplo atrás, en un lateral, etc).

Por lo que cuentas, es posible que tu habitación, debido a sus dimensiones a tu punto de escucha y a los modos asociados, tenga un null (o valle) en frecuencia en el punto de escucha donde estás. De ahí que notes que esa frecuencia "desaparece". Prueba a sentarte más adelante o más atrás a ver si "reaparece".