Desde mi ignorancia te cuento hasta donde yo sé.
Por ejemplo, Monitor Audio especifica que con sus altavoces de puerto trasero dejes al menos 30 cm a la pared trasera. Si no es posible, que cierres el puerto con la gomaespuma que viene con los altavoces. Y, en los de puerto delantero, también es importante la distancia a la pared lateral, que deberá taparse el puerto si está muy cerca también.
En cuanto a ecualizacion, yo solo uso el YPAO que viene con mi receptor Yamaha.
Aunque hay quienes usan ecualizadores aparte que, sin duda, mejoran los resultados.
En este foro hay personas que controlan mucho mucho del tema.