A ver, para no dejarte con demasiadas dudas.
Lo primero, no te comas el coco! Seguro que cuando conectes los altavoces y sin "tunear" absolutamente nada, ya vas a flipar!! Osea, que todo lo demás, aunque importante, no es algo que todo el mundo haga o llegue a apreciar. Por esa parte estate tranquilo. Ahora paso a "intentar" explicarte un poco por encima lo básico.
Ecualización: Lo normal es que el AV que tengas o compres lleve su propio sistema de ecualización automática (ej, YPAO en Yamaha). Con ese sistema, que incluye un micro que colocarás en el punto de escucha, el aparato ecualiza solito adaptando frecuencias, etc. a la colocación en la sala. Esto para el 90% de los mortales es más que suficiente (de ese 90%, un 50% ni siquiera hace la EQ automática). El otro 10%, que somos algo más juguetones, no nos conformamos con la EQ automática y nos metemos en sistema manual (que también lo ofrecen los AV modernos)... y dejamos el sonido a "nuestro gusto" que no siempre es el gusto del aparato. No te asustes, te lees el manual y le pasas el YPAO o el que corresponda a tu AV, y a correr. Luego ya, con tiempo y leyendo mucho, te puedes meter en aventuras miles y divertidas ;-).
Pegados a la pared: Se refiere a las columnas principales, que van pegadas o cerca de la pared por su parte trasera. Las columnas llevan un puerto Bass Reflex por la parte de atrás (no es más que un agujero por donde sale aire y que extiende los graves). Al estar cerca de una pared, lo normal es que se potencien aún más los graves, llegando a crear una bola que pueda interferir en otras frecuencias (o no). Esos agujeros se pueden tapar, con una esponja por ejemplo, para disminuir ese incremento en graves. Yo por ejemplo no los tapo, y tengo las columnas ubicadas como tú... me gusta como suena sin tapar. Es algo con lo que podrás jugar, siempre en base a lo que más te guste. En este mundo nada es obligatorio y todo es subjetivo... "lo que mejor funciona es lo que más te guste a ti".
Directividad: Lo mismo, mucha palabrería técnica que si tienes tiempo está bien que te mires, pero básicamente... Parece ser que estas columnas necesitan algo de "toe in" para sacarles el máximo partido. El toe in, no es más que "girar un poco hacia dentro" las columnas, para dirigir el sonido un poco más hacia el punto de escucha (imagina que sale un rayo justo del centro del altavoz, pues dirigir virtualmente ese rayo hacia donde estais sentados, girando un poco las columnas hacia dentro y creando un triangulo virtual entre sus centros y el punto de escucha). ¿cuanto giramos las columnas?... para eso hay muchas teorías, pero te digo lo mismo, como más te guste!!! Hay quien las deja totalmente rectas, otros las giran 45º, otros incluso las abren en lugar de cerrarlas.... Hay una teoría que dice que para cine "rectas", para música "toe in para enfocarlas al punto de escucha". A jugaaaar! :-D
Como ves, nada de esto debe preocuparte, todo lo contrario, tómalo como una diversión. Yo me paso la vida reubicando, re-ecualizando, etc. Pero por pura diversión, quizás buscando un pelín más de "autosugestión" :-)
Un saludo y espero haberte sacado de dudas